Os Programas de Pós-Graduação Stricto Sensu do INI/Fiocruz compreendem cursos de Mestrado Acadêmico, Doutorado Acadêmico e Mestrado Profissional, além de estágios de Pós-Doutorado. As atividades de ensino são estruturadas sob uma abordagem interdisciplinar e multiprofissional, com a finalidade de qualificar profissionais para a atuação no campo da pesquisa clínica em doenças infecciosas. O instituto coordena dois programas de pós-graduação nesta modalidade:
- Programa de Pós-Graduação Stricto Sensu em Pesquisa Clínica em Doenças Infecciosas (PCDI), com os cursos de Mestrado Acadêmico, Doutorado Acadêmico e Pós-Doutorado.
- Programa de Pós-Graduação Stricto Sensu em Pesquisa Clínica (PG-PC), com o curso de Mestrado Profissional e o Pós-Doutorado.
